Alişar Höyüğü, Yozgat’ın 45 km güneydoğusunda, Alişar köyünün kuzeyinde bulunmaktadır.
Alişar Höyük, MÖ 4. binyılda Bakır Çağında MÖ 1. binyıl arasında yerleşilmiştir. MÖ 3. binyıldaki Erken ve Orta Tunç çağında Alişar surlarla çevrili bir kent haline geldi. Nihayet bölgenin en önemli şehri haline geldi. Güneyindeki Kaniş (Kültepe) gibi, MÖ 2. binyılda Asurlu tüccarların geldiği bir ticaret merkezi haline geldi. Sonra şehir imha oldu; bu, yarı-efsanevi Hitit kralı Anitta'nın istilası sonucu olmuş olabilir. Anitta'nın Kussar adında bir şehri ele geçirdiğine dair kayıtlar vardır ve bu şehrin Alişar Höyük olduğu anlaşılabilmektedir. Hititler sonra kuzeyde bulunan Hattuşaş'ı başkent yaptılar. MÖ 1400-1200 döneminde Alişar muhtemelen Ankuwa adlı bir taşra kasabası idi. Çoğu Hitit yerleşkeleri gibi Geç Tunç Çağının sonunda, MÖ 12. yüzyılda yanıp imha edildi. Daha sonra Frigler burayı ele geçirdiler. Alişar yakınlarında Kerkenes'te Friglerden kalma büyük bir Demir Çağ kenti bulunmaktadır