Patofizyoloji, bir hastalık ya da hastalık olarak adlandırılamayacak anormal sendromlar ya da durumlar nedeniyle normal mekanik, fiziksel ve biyokimyasal işlevlerde ortaya çıkan bozuklukları inceleyen bilim dalıdır. Örneğin bulaşıcı hastalıklar alanında patofizyoloji, bir bakteri tarafından salınan toksinin vücuda zarar vermek için ne yaptığının araştırılmasıdır. Diğer bir örnek enfeksiyona bağlı olarak dokularda oluşan kimyasal değişikliklerin incelenmesidir.